設施漁業工程研究室以設施漁業工程及其配套工程技術為重點，開展相關領域的應用工程技術研究以及投資項目策劃、項目建議書、可行性研究、總體規劃、建設規劃、工程實施方案、工程初步設計和施工圖設計、項目評審和管理及政府服務等工作。現有研究人員11人，其中高級以上職稱3人。

設施漁業工程研究室主要從事各類漁業產業園區、漁港經濟區、原良種場、苗種繁育基地、科研試驗基地、自然保護區、海外遠洋漁業基地工程研究，承接各類漁業工程設計，承擔農業部漁業工程各類規范的編制任務及下達的項目評審任務，承擔漁業涉外工程等設計任務。研究室承擔并完成多項公益性行業科研項目部級科研項目、漁業行業標準研究與制定、行業支撐研究項目。

近五年累計完成發展規劃、總體規劃、建設規劃等各類規劃100余項，各類工程設計100余項。其中海南省三亞市崖州中心漁港生產配套區項目、全國水生動物疫病防控指揮中心項目、東營市現代漁業示范區項目等項目的實施提升了我國水產事業基礎設施水平；援埃及蘇伊士運河大學漁業與水產教學培訓中心項目、援南非農業示范中心項目等多項涉外漁業工程項目，促進了國家相關援助計劃的實施，提升了我國與受援國之間的友誼。